В 1998 окончил Российскую академию музыки имени Гнесиных в Москве (класс профессора С. Д. Гусева).
С 2012 по 2017 г.г. являлся студентом Российский институт театрального искусства — ГИТИС (мастерская Андрейса Жагарса, заочное отделение, кафедра режиссуры и мастерства актёра музыкального театра).
Служит в московском театре «Геликон-опера» с 1994 года. С 1999 года -заведующий труппой театра, а с 2004 года заместитель художественного руководителя – директор творческих коллективов: труппы солистов, хора и оркестра театра.

С 2008 года сотрудничает с народным артистом СССР Юрием Башметом.
В 2009 году Илье Анатольевичу Ильину присвоено почетное звание Заслуженного работника культуры.

В 2019 году Илье Ильину была присуждена Премия города Москвы в области литературы и искусства, в номинации «Музыкальное искусство», за постановку спектаклей «Семь смертных грехов» К.Вайля, «Телефон» Дж.Менотти и «Волшебная флейта» В.А.Моцарта.